Exkrementy a moč jsou sice významným zdrojem živin pro rostlinnou výrobu, představují však relativně vysoké potenciální riziko šíření jak patogenních agens, tak i nositelů antimikrobiální rezistence. Kontakt vnímavých zvířat s exkrementy infikovaného skotu je hlavním zdrojem šíření rotavirů, koronavirů, Eecherichia coli, salmonelózy a paratuberkulózy.
Optimální je nehnojit vlastní pole hnojem a kejdou z jiných farem, přičemž minimálním opatřením je použití hnoje a kejdy z chovů se stejným zdravotním statusem. Aplikací čerstvé kejdy přímým zapravením do půdy lze zabránit šíření mikrobiálního aerosolu do okolí. Při manipulaci, skladování i aplikaci na pole by nemělo docházet ke kontaminaci životního prostředí. V průběhu aerobního i anaerobního zpracování chlévské mrvy (samozahřátí, kompostování) a kejdy (separace, kompostování, aerobní a anaerobní stabilizace) doplněného o alkalizaci (vápnem) dochází k významnému snížení množství mikroorganismů v těchto substrátech, a tím i snížení rizika přenosu patogenů.
Ve stlaných systémech je nutné zajistit zvířatům dostatečné množství kvalitní suché podestýlky s pravidelným dostýláním. Naproti tomu v bezstelivových systémech je nutné v pravidelných intervalech odstraňovat výkaly z kotců, chodeb i roštů, a to včetně kejdy uskladněné v jímkách.
Významným zdrojem infekce jsou také uhynulá zvířata, která navíc mohou lákat zvířata živící se zdechlinami. Kadávery, tj. těla mrtvých zvířat se proto před svozem ukládají do uzavřeného, čistitelného a dezinfikovatelného prostoru – kafilerního boxu, který je na hranici farmy. Zatímco zevnitř farmy se do něho ukládají uhynulá zvířata, asanační služba může odebírat rizikový materiál mimo areál farmy.*
