Od 1. října 2018 přešla laboratoř imunogenetiky Českomoravské společnosti chovatelů na moderní způsob ověřování původu přes analýzu SNP (Single Nucleotide Polymorphism), která plně nahradila do té doby nabízenou metodu testů přes mikrosatelity. Vznikla příležitost, jak začít sbírat data, která postupně povedou k vytvoření systému výpočtu genomických plemenných hodnot (dále GEPH) stejně, jako je to běžné u dojených plemen. Položili jsme na toto téma pár otázek Ing. Aleně Svitákové, Ph.D. z Českého svazu chovatelů masného skotu, která má odbornou stránku projektu genomické testace masné populace skotu na starosti.
Můžete v krátkosti popsat projekt a jeho historii?
Při jednání o změně způsobu ověřování původu zvířat, vyvstala v rámci našich vnitřních diskuzí otázka, zda již není čas, pro stanovení GEPH u masného skotu. V rámci této diskuze byly stanoveny jednotlivé body, které povedou k přechodu z konvenčních (stávajících) plemenných hodnot na genomické. Jako nejproblematičtější část se ukázala tvorba tzv. referenční populace – tedy souboru nejvíce geneticky propojujících zvířat u jednotlivých plemen. Jedná se o zvířata, která mají mnoho potomků a jsou tedy starší a u většiny z nich došlo ke stanovení genotypu starým způsobem, proto jsou pro chovatele z jejich praktického hlediska nezajímavá a nemají potřebu je novým způsobem znovu testovat. Chovatelé zpravidla testují zvířata z důvodu ověření jejich původu a jedná se především tedy o mladá zvířata.
Abychom i v ČR byli co nejdříve schopni začít s výpočtem GEPH u masného skotu, potřebujeme mít dostatečně velkou a řádně propojenou databázi otestovaných zvířat. Proto jsme vytvořili seznamy zvířat pro 14 masných plemen, na kterých jsou uvedeni jedinci, jejichž natestování na čipu (přes metodu SNP) je nezbytné pro propojení populace, která následně vytvoří dostatečnou základnu vzorků, které umožní začít v České republice počítat GEPH.
Šlo by také laikovi vysvětlit, jaký je princip testování pomocí DNA čipu?
DNA dvoušroubovice se skládá z jednotlivých párů bází, které se ve zjednodušení dají označit jako SNP. Pomocí DNA čipu testujeme, jaká báze se nachází na předem určených pozicích v rámci celého genomu. Tyto pozice byly vybrány na základě mnoha studií a měly by být rovnoměrně rozvrstveny přes všechny chromozomy. Standardně se využívá hustoty 55 000 zjištěných bází přes celý genom, pak tento čip označujeme jako 50K. Není však výjimkou testování na čipech o nižší hustotě (3 000, 7 000 SNP) – využíváno zejména u krav. Nebo na čipech o vyšší hustotě (150K, 770K) u vybraných býků. V laboratoři dojde ke zjištění všech těchto SNP zvířete v jedné analýze. Část těchto informací je využita pro ověření původu. Část je k určení kvalitativních znaků – například bezrohost, barva, přítomnost alely pro dvojí osvalení a podobně. Největší část je využívána k výpočtu GEPH.
Kterých plemen se to týká?
Jde o nejvíce zastoupená plemena masného skotu v ČR.
Více najdete v Našem chovu 9/2019.
