Šlechtění v chovech hospodářských zvířat probíhá v podstatě od samotného počátku cíleného chovu. Samozřejmě za předpokladu, že nechce chovatel nechat vývoj dalších generací v rukou náhody. Pro šlechtění nových generací mají šlechtitelé a chovatelé k dispozici celou řadu moderních nástrojů. Analýza DNA a stanovení genomických hodnot jsou užitečným pomocníkem.
V minulosti probíhal výběr zvířat pro produkci dalších generací především na základě jejich výsledků v produkci. Mohlo se jednat o nadojené litry mléka, kilogramy přírůstku nebo počet odchovaných mláďat. Jenže informace získané tímto způsobem byly využitelné jen velmi omezeným způsobem – většinou se do chovu nechávaly dcery od dobrých matek, které ale jejich kvality nemusely zdědit. S kontrolou užitkovosti a výpočtem plemenných hodnot se pravděpodobnost správné volby zvýšila, zejména v případě znaků a vlastností s vysokou dědivostí. Nicméně, v současnosti začaly být pro chovatele stále důležitější a žádanější vlastnosti s nízkou dědivostí, které mívají na svědomí celou řadu vlastností rozhodujících o ekonomickém výsledku, pro které stanovení spolehlivých plemenných hodnot tradičním způsobem není zrovna optimální. Příslibem pokroku se stala rozšiřující schopnost porozumět informacím, které jsou zakódovány v DNA. Postupně začali vědci stále více pronikat do problematiky dědičnosti a kódování jednotlivých znaků a vlastností v genech a pustili se do sekvenování genomu, vyhodnocování výsledků a jejich vyjadřování prostřednictvím genomických plemenných hodnot.
