Rychlý rozvoj vysoce výkonné genotypizace otevřel nové možnosti v genetice a současně přinesl značné problémy s ukládáním a zpracováním dat. Snížení nákladů na genotypování a stále rostoucí hustota panelů markerů vedou k obrovskému nárůstu objemu spravovaných dat. Výsledkem je drastické prodloužení doby nutné pro zpracování dat společně se zvyšujícími se požadavky na ukládání dat.
Praktické využití molekulárně genetické analýzy DNA u prasat se v posledních třech desetiletích tradičně soustředilo zejména na analýzy genotypů tzv. kandidátních genů a na ověřování rodičovství. Plnému využití potenciálů SNP technologií a následných genomických analýz ve šlechtění prasat bránily limity „tradičních“ – méně výkonných analytických metod, které poskytují (zejména pokud jde o kvantitu) pouze omezené informace o genomu prasat. Kvalitně izolovaná DNA je nutnou podmínkou korektního výsledku všech DNA analýz, což dvojnásob platí pro vysoce výkonné SNP technologie. Kvalita DNA extraktu určuje míru úspěšnosti SNP genotypizace na microarray´s vyjádřenou tzv. call rate, který vyjadřuje podíl stanovených SNP genotypů k celkovému počtu genotypů na čipu. Nevhodně zvolený a/nebo nekvalitně odebraný zdroj DNA je nejčastější příčinou nízkých call rate a vyřazování neúplných datových souborů získaných SNP analýzou z následného bioinformatického zpracování.
Kolektiv autorů z VÚŽV, v. v. i., Praha-Uhříněves, ČMSCH, a. s., Hradištko, a MZLU Brno (pod vedením Ing. Emila Krupy, Ph.D.) se ve své práci zabýval výběrem nejvhodnějšího zdroje biologického materiálu pro DNA analýzy a zhodnotil možnost využití managementu SNP dat. Z jejich výsledků vyplynulo, že nejvhodnějším zdrojem plošného odběru DNA jsou štětinové cibulky. Dobře použitelných zdrojem DNA je i nesrážlivá krev a sperma (nativní i zmražené). Odběr krve je limitován praktickými aspekty jeho provedení v podmínkách chovu a následnými problémy při transportu odebraných vzorků do laboratoře. Za určitých podmínek lze DNA získat i z reziduálních a alternativních zdrojů DNA. Jako optimální metoda pro izolaci DNA v modelu velké průchodnosti vzorků laboratoří byla vytipována a prověřena metoda izolace DNA na magnetických kuličkách. Rychlost zpracování SNP dat programem TheSNPpit byla až 11,5 milionů SNP za sekundu. Výhodou je i možnost zpracování dat různých formátů, rozdělení vzorků do několika subsetů a v neposlední řadě i možnost načtení příslušných fenotypových dat z kontroly užitkovosti.*
Více se dočtete v listopadovém čísle časopisu Náš chov.
