Ve čtvrtek 23. listopadu 2023 proběhl v zasedací místnosti Výzkumného ústavu živočišné výroby, v. v. i., v Praze Uhříněvsi seminář „Aktuální směry ve šlechtění hospodářských zvířat“. Přednášející seznámili posluchače z řad odborné, chovatelské a vědeckou veřejnost s výsledky výzkumu v oblasti masného a dojeného skotu i prasat.
Seminář, který navštívilo okolo čtyřiceti účastníků ze zemědělských či chovatelských organizací nebo z univerzit, moderovala Dr. Ing. Jitka Kyselová, která v úvodu poskytla informace o činnosti oddělení genetiky a šlechtění. Oddělení se zabývá výzkumem metod šlechtění hospodářských zvířat, aby šlechtitelé udrželi krok s mezinárodním vývojem a aby místní populace skotu, prasat a malých přežvýkavců nezaostávaly za světem. Výzkumníci oddělení se věnují molekulární či populační genetice dojeného skotu, masného skotu, prasat, koní, ovcí a koz. Přitom spolupracují s chovatelskými svazy, Českomoravskou společností chovatelů i se zemědělskými podniky.
Oddělní řeší různé projekty s odhadem genomických plemenných hodnot u prasat v českém národním šlechtitelském programu, využití genomických údajů k optimalizaci šlechtění u masného skotu, pro optimalizaci resilience dojeného skotu a řeší se problematika výskotu bakteriálních, protozoárních a virových zoonotických agens v chovech malých přežvýkavců. Dr. Ing. Kyselová se dále zmínila o Evropské síti pro fenomiku hospodářských zvířat EU-Li- PHE, jejímž cílem je vyvinout a implementovat odborné znalosti a pro zjišťování fenomu zvířat s cílem aplikace nových postupů do živočišné výroby.
Ing. Eva Kašná, Ph.D., přednášela o výhodách zapojení krav s domácí užitkovostí do genomické referenční populace. Cílem je zpřesnit národní genomické hodnocení dojeného skotu, optimalizovat odběr biologických vzorků a izolaci DNA, vyhodnotit diverzitu domácí populace, sestavit referenční populaci s genotypy krav a predikovat genomické plemenné hodnoty. V rámci projektu NAZV byla řešena problematika rozšíření referenční populace o krávy s domácí užitkovostí s cílem navýšit spolehlivost národního genomického hodnocení dojeného skotu. V průběhu pěti let byly optimalizovány postupy odběru biologického materiálu, následné izolace DNA a zjištěny SNP genotypy asi 45 tisíc krav a jalovic. Na základě SNP genotypů byla odhadnuta vysoká homozygotnost holštýnské populace charakterizovaná genomickým koeficientem příbuznosti FROH mezi 0,035 a 0,111. Genotypy krav a jalovic byly propojeny s genotypy býků a vytvořena matice genomické příbuznosti, která je využívána při predikci genomických plemenných hodnot (GEPH) znaků a vlastností zahrnutých v selekčním indexu české populace holštýnského skotu. Byl posouzen vliv zapojení samičích SNP genotypů do referenční populace, který ukázal navýšení spolehlivosti predikce GEPH v rozmezí 2–5 %. Národní hodnocení chovných zvířat má dopad na výsledky všech chovatelů. Klíčové je rozpoznání zvířat s žádoucím genetickým založením pro vlastnosti zahrnuté v chovném cíli, které je předpokladem pro další zvelebování populace. Významné zpřesnění plemenářské práce přinesla genomická selekce, která předpokládá, že lze nalézt genetické markery propojené s geny, jež ovlivňují projev konkrétních znaků a vlastností. Referenční populace u dojeného skotu sestávaly zprvu především z prověřených genotypovaných býků, jejichž plemennou hodnotu bylo možné odhadovat s vysokou spolehlivostí. Zohlednění genomické informace vedlo k dalšímu navýšení spolehlivosti hodnocení, které bylo zčásti dané i tím, že se zpřesnily údaje o původu zvířat, byl v dobách před využitím genomiky nesprávně uveden otec u 5 až 12 % zvířat. Genomika také umožnila rozšíření selekčních indexů o těžko měřitelné vlastnosti, jako je efektivní příjem krmiv nebo produkce metanu, když vlastní nákladné měření je provedeno v referenční populaci a výsledky jsou přepočteny na základě odhadovaných efektů SNP. Navýšení přesnosti genomického hodnocení bylo podmíněno kromě velikosti referenční populace také vazbou genotypovaných zvířat s ostatními negenotypovanými zvířaty. Vlivem klesajících cen genotypizace začal růst podíl genotypovaných krav, a v současné době největší podíl genotypovaných zvířat představují mladé jalovice. Na základě analýzy genomických údajů byla zjištěna vysoká homozygotnost zejména samčí části populace, která byla blízká holštýnské populaci USA a odzrcadlila tak intenzivní import plemenného materiálu. I relativně nízký podíl genotypovaných zvířat významně ovlivnil hodnocení velkého počtu negenotypovaných jedinců propojených smíšenou maticí příbuznosti H. Významný byl zejména příspěvek býků, kteří se s vysokým počtem potomků promítnou ve větším podílu populace. U krav nelze očekávat podobně vysoký příspěvek, zejména když se jedná o navýšení spolehlivosti odhadu nízce dědivých znaků. Při vyšších počtech genotypovaných samičích jedinců v referenční populaci se jejich příspěvek k navýšení spolehlivosti pohyboval v průměru mezi 2–5 % a jeho dopad byl významnější u mladých genotypovaných jedinců.*
