Francouzští výzkumní pracovníci zveřejnili první genový katalog intestinálního mikrobiomu prasat, jako výsledek společného úsilí výzkumných ústavů a společností zabývajících se výživou zvířat. První katalog referenčních genů byl představen na 50. ročníku Dnů výzkumu u prasat (JRP), který se konal v Paříži ve dnech 6. a 7. února 2018.
Do výzkumného konsorcia byly zapojeny Francouzský národní institut pro zemědělský výzkum INRA), Bioporc, CCPA, Invivo NSA, Lallemand Animal Nutrition, MixScience a Techna France Nutrition.
Mikrobiota střev prasat
Střevní mikroflóra se definuje jako mikrobiální ekosystém, který se nachází ve střevě a souvisí s jeho hostitelem. Jeho mnohé funkce doplňují činnost hostitele, včetně přínosu k trávení vlákniny krmiva, která není nebo jen málo stravitelná, syntézy vitamínů a mastných kyselin s krátkým řetězcem, dozrávání imunitního systému.
V posledních letech se střevní mikroflóra u hospodářských zvířat stala důležitou pro biologická studia, protože byla zjištěna její role v individuální variabilitě fenotypů.
Změny v kompozici střevní mikroflóry
Nedávné výsledky výzkumů u prasat zdůrazňují vazby mezi změnami složení střevních mikroorganismů a účinnosti krmiva, intenzitou růstu a imunitními parametry. Sekvenování mikrobiální DNA poskytuje informace o kultivovatelných a nekultivovatelných skupinách mikroorganismů. Těch druhých je většina.
Jordi Estellé (INRA) řekl: „Zřídili jsme první genový katalog mikrobiomu prasečích střev sekvenováním fekální DNA u skupiny 287 prasat chovaných ve Francii, Číně a Dánsku. Katalog obsahuje více než 7,6 milionu nezbytných genů. "
„Celkem bylo identifikováno 719 metagenomických druhů. Polovina genů by mohla být taxonomicky zařazeno a 98 % z nich odpovídá bakteriím. Nejvíce se vyskytovaly bakterie kmene firmicutes (28,73 %) a bakterioidy (9,28 %). Katalogy genomu prasat a lidí spolu sdílejí pětkrát více genů než myši a lidé. Podporuje to používání prasat pro biomedicínský výzkum.“
Analýza genů antibiotické rezistence
Jordi Estellé uvedl: „Analýza prevalence genů rezistence na antibiotika ukázala efekt eliminace antibiotik z krmiva zvířat, a tím snížení rizika šíření rezistence vůči antibiotikům související se systémy chovu. Byly sekvenovány další vzorky fekálií zvířat různých věkových skupin a fyziologických podmínek (např. březí prasnice, mladá selata před odstavem a po něm), a výsledky potvrdily, že katalog se ještě musí zdokonalit, ale již nyní je zajištuje dokonalé pokrytí značné části mikrobiální rozmanitosti.
Cenný zdroj pro implementaci metagenomiky u prasat
Genový katalog střevního mikrobiomu představuje vysoce cenný zdroj pro provádění kvantitativní metagenomiky (studuje genetický materiál z různých prostředí) u prasat a přispívá k lepšímu pochopení konstrukce a plasticity fenotypů.
Jordi Estetelé dospěl k závěru a řekl: „Vědecký a technologický kontext je příznivý pro vytváření projektů, které překračují individuální informace týkající se mikrobiologie (rozmanitost, funkční ekologie) a hostitele (genetika, zootechnické a klinické vlastnosti, imunitní status) a dodává nové znaky, které mají být změřeny a zlepšeny."*
