V listopadu proběhl v zasedací místnosti Výzkumného ústavu živočišné výroby, v. v. i. v Praze Uhříněvsi seminář „Aktuální směry ve šlechtění hospodářských zvířat“. Přednášející seznámili posluchače genomickým hodnocením prasat.
Zástupce výzkumného kolektivu Ing. Emil Krupa, Ph.D. se zaměřil na možnosti praktickému využití genomiky ve šlechtění domácích českých populací prasat, konkrétně na hodnocení kvality spermatu kanců.
Primárním cílem bylo genotypování zvířat, ale v rámci řešení projektu proběhl i vývoj metod analýz DNA pro prasata, vývoj softwaru pro výpočet ekonomických vah pro selekční indexy, vývoj nových a revize stávajících selekčních indexů, návrh hodnocení paternity prasat z SNP dat, a hodnocení kvality masa v návaznosti na kančí pach. Proběhly také první odhady genomických parametrů a plemenných hodnot pro znaky kvality spermatu kanců, které ukázaly pozitivní vliv u genomických plemenných hodnot zejména na spolehlivosti jejich odhadu. Projekt NAZV byl řešený v pěti letech 2019–2023 a jeho primárním cílem bylo vytvoření referenční populace prasat a odhad genomické plemenné hodnoty a genotypování prasat chovaných v ČR. Hodnoceno bylo 2356 zvířat, která jsou genotypovaná (průměrně 52 za rok a v roce 2022 to bylo 672 prasat s poměrem prasnice : kanci 64:36 ). Na začátku projektu se využíval čip Illumina – Porcine SNP 60 v2 Bead Chip Array (61565 SNP), a tak bylo získáno 812 vzorků. Firma přestala čip poskytovat, a tak se přešlo k jinému. Byl to čip Neogen – GGP Porcine 50k Array se ziskem 1461 vzorků. Ten je používán dosud. Nyní se kombinují výsledky obou čipů. Jako zdroj dat pro zisk DNA byly využívány štětiny, ušní štěpy, krev a sperma. Většina testovaných zvířat se narodila v roce 2019, 2020. Nevyšší počet hodnocených a genotypovaných prasat má plemeno české bílé ušlechtilé. Další plemena jsou landrase, duroc, pietrain, přeštické prase. Mateřská plemena jsou tedy četnější.
Metodika projektu postupovala vývojem metody analýzy DNA prasat. Další bodem byl management a rozbor zdravotních dat prasat (které jsou uvedeny v kontrole užitkovosti), vývoj softwaru pro výpočet ekonomických vah v chovech prasat (Ecoweight). Následovalo genetické zhodnocení genomické příbuznosti populací (mateřský a otcovských plemen a zejména přeštického prasete). Dále probíhá sběr vzorků na vývojové vady (je jich jen 111 ks), a to kryptorchismus, pupeční a tříselní kýly, roznožka, hermafroditismus. Poté se vědci věnovali systému managementu SNP dat a vznikl návrh jak určovat paternitu z SNP dat. Kolegové z ČZU, se kterými spolupracují, se věnují staničním testům spojených s hodnocením výkrmnosti, jatečně hodnoty a kvality masa a hlavně hodnocení kvality masa v návaznosti na kančí pach
Hodnocenými znaky spermatu kanců jsou objem (OB) spermatu v ml, koncentrace (KO) spermatu v počtu spermií v 103 v mm3, motilita (MO) v %, podíl abnormálních (AB) spermií v %, libido (LI) na stupnici od 1 (nejlepší) do 5 (nejhorší), celkový počet spermií (CPS) v 109 (CPS = OB x KO/ 1000) a počet funkčních spermií v 109 (PFS = CPS x MO/100 x(1-AB/100)). První čtyři znaky se určují vždy na inseminačních stanicích kanců ihned po každém odběru ejakulátu. I libido se určuje na inseminačních stanicích, ale jde o znak spíše subjektivní. Vytvořená modelová rovnice obsahovala efekty: efekt měsíce odběru, věk kance při odběru, interval mezi dvěma po sobě následujícími odběry, efekt plemene kance, permanentní efekt kance (protože jde o opakovanou činnost, pravidelné odběry).
Porovnávaly se metody výpočtu metodou BLUP a ssgLUP a výsledky u mateřských i otcovských plemen liší jen minimálně. Dalším krokem je potvrdit správnost modelu a metody výpočtu. Vypočtená korelace plemenných hodnot byla 0,95–0,97. Spolehlivost odhadu plemenných hodno byla pro všechna zvířata pří posčítání starší metodou BLUP 11–17 % a po výpočtu metodou ssgBLUP 20–33 %. Při započítávání jen kanců byla spolehlivost odhadu metodou BLUP 29–54 % a po výpočtu ssgBLUP 33–59 %. Spolehlivost odhadu plemenných hodnot prasat byla 96 %. Cílem je to, aby odhady plemenných hodnot prasat byly počítány rutinně a postupně by se doplňovaly vlastnosti.
Podrobněji v časopisu Náš chov 1/2014.
